Bocskai István rövid uralma, az akkor lefektetett intézkedések, melyek jelentős részét II. Mátyás királysága elején törvényerőre is emeltek, az utódok számára fontosabb üzenettel bírtak, mint a törökkel végrehajtott támadások, illetve a hajdúk garázdálkodása. A kompromisszumra alapított megbékélés a magyar rendek és a Habsburg-házból származó király között az első kiegyezést jelentette, s jelenti ma is. Ebben nagy szerepet játszott az, hogy nemcsak azok voltak elégedetlenek Rudolf császár és király intézkedéseivel, intézményeinek működésével és a kilátástalannak tűnő háborújával, akik felkeltek ellene, hanem azok is, akik végig kitartottak az iránta mutatott hűségükben. II. Mátyás koronázásának, az akkor kialakított imágónak, a Szent Korona kultikus tiszteletének, a Prágából történő hazahozatalának az volt az üzenete, hogy a Magyar Királyságban az uralkodó és a rendek közötti jó viszony ismét helyreállt.

A felkelés történetében négyszer mutatható ki, hogy Bocskai István a törökökkel való együttműködése közben megtorpant, és kereste a tárgyalás folytatását a királypárti urakkal.