Im 17. Jahrhundert schlägt die Geburtsstunde der Religionswissenschaft. Sie entsteht aus der Frage nach der Herkunft der Götter, des Polytheismus, der „Idolatrie“. Der Monotheismus, darin war man sich einig, bildete die Urreligion: Das war nicht die Religion der Offenbarung, sondern die Religion der Natur und der Vernunft, die allen Menschen gemeinsam und auch in allen heidnischen Religionen aufspürbar ist. Die Vielgötterei entstand erst mit den Staaten; denn Herrschaft braucht die Götter, um dem Volk politische und moralische Orientierung zu geben. Unter diesen Bedingungen zog sich die Urreligion in den Untergrund zurück: So entstanden die Mysterien.
Grundmodell dieser Entwicklung ist das Alte Ägypten, der erste Staat der Geschichte, in dem sich diese religiöse Doppelstruktur besonders klar ausprägte. Die Ägypter hatten zwei Schriften, so las man es bei den Griechen: eine fürs Volk, eine für die Mysterien, und sie bauten über der Erde für die offizielle und unter der Erde für die geheime Religion, nämlich den Kult der verschleierten Isis, in der man Spinozas Deus sive Natura erkannte: oben also die vielen Götter, unten der Gott der Philosophen. In dieses Bild blickten die Geheimgesellschaften wie in einen Spiegel.

Ende des 18. Jahrhunderts hoben Lessing, Mendelssohn und andere diese Idee der doppelten Religion auf eine neue Ebene. An die Stelle der Mysterien trat bei ihnen die Idee einer „Menschheitsreligion“ und an die Stelle der Kultur, die zwei Religionen hat, der Mensch, der sich einerseits seiner angestammten Kultur, Nation und Religion und andererseits einer menschheitlichen Verbundenheit zugehörig weiß. Keine Religion besitzt die Wahrheit, allen aber ist sie als Ziel aufgegeben. In dieser Form gewinnt die Idee der doppelten Religion im Zeitalter der Globalisierung eine ungeahnte Aktualität.